PubMed検索方法:Web Apiの勉強中

とりあえずE-utilitiesを勉強中。

以下、メモ。
E-utilities Quick Startから。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/

E-utilitiesでは
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/ を汎用するとのこと。

・検索用:esearch.fcgi?db=&term=
実際の検索例:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=science[journal]+AND+breast+cancer+AND+2008[pdat]


・検索用2:esearch.fcgi?db=&term=&usehistory=y
&WebEnv と &query_key が出力される。

実際の検索例:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=science[journal]+AND+breast+cancer+AND+2008[pdat]&usehistory=y

・検索用3(複合してみる):
esearch.fcgi?db=&term=&usehistory=y
&WebEnv と &query_key が出力される。



esearch.fcgi?db=&term=&usehistory=y&WebEnv=$web1
query2に違う用語をいれ、webenvに過去に出力されたものをいれると
さらに新しい &WebEnv2 が出力される。



・索引データの抽出:
ecitmatch.cgi?db=pubmed&rettype=xml&bdata=

詳細はECitMatch In-Depth


・UIDのアップロード
epost.fcgi?db=&id=
保存先のWebEnvとquery keyを出力。

例:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/epost.fcgi?db=gene&id=7173,22018,54314,403521,525013

※PubMed用にすると
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/epost.fcgi?db=pubmed&id=26442394


・UIDの複合
さらにIDを調整なりする場合は以下。
epost.fcgi?db=&id=&WebEnv=$web1


・サマリーのダウンロード
esummary.fcgi?db=&id=
でXML docsumが出てくる。

※pub例
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=26442394

・以前の検索からのサマリーダウンロード
まず
esearch.fcgi?db=&term=&usehistory=y
でwevenvとquery keyを出力し、

esummary.fcgi?db=&query_key=$key1&WebEnv=$web1
でゲット。

例:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=science[journal]+AND+breast+cancer+AND+2008[pdat]&usehistory=y


http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&query_key=1&WebEnv=●●

無事出力OK。
retmode=json
をいれればjsonになります。OK。

・全レコードのダウンロード
efetch.fcgi?db=&id=&rettype=&retmode=

例:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=26442394
デフォルトではjsonか?
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=26442394&retmode=xml
XMLで。

・前の検索結果の全レコードのダウンロード
esearch.fcgi?db=&term=&usehistory=y
からの
efetch.fcgi?db=&query_key=$key1&WebEnv=$web1&rettype=
&retmode=

PubMedでの例
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=science[journal]+AND+breast+cancer+AND+2008[pdat]&usehistory=y

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&query_key=1&WebEnv=●●&rettype=text&retmode=XML

rettypeってなに

・db間の関連付けについて(割愛…)

・スペルなおしについて
espell.fcgi?term=&db=

例:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/espell.fcgi?term=fiberblast+cell+grwth&db=pmc
で、なおったものが出力される。





この記事へのコメント

  • ONCHEatove

    Магазин champion в Самаре представляет не только вышеперечисленный товар но и другие виды агрегатов например: Пуско-зарядные устройства. CHAMPION помогает вам в работе и ремонте в доме и ценит ваше мнение.

    Любая техника приобретённая от бренда ЧЕМПИОН работает как часы и редко подвергается частому ремонту.

    Бренд чемпион на Российском рынке появился давно. Те, кто работают на своём участке знают его уже по одному фирменному знаку. Чемпион это аграрная техника которой можно пользоваться во все времена. Большинство из производимой агротехники от champion всесезонна и дополняет себя. Такая техника как: Мотокультиваторы может быть использована в обработки земли. В поливе ваших грядок легко справится такой агрегат от мегабренда Champion как: НАСОСНОЕ ОБОРУДОВАНИЕ.

    За более подробной информацией можно обратиться на официальный сайт настоящего бренда Чемпион.

    Скидка 2,45% от стоимости любого товара, успей забрать свою скидку.

    CHAMPION TOOLS ОФИЦИАЛЬНЫЙ САЙТ
    2018年05月02日 02:45