PubMed検索方法:Web Apiの勉強中

とりあえずE-utilitiesを勉強中。

以下、メモ。
E-utilities Quick Startから。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/

E-utilitiesでは
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/ を汎用するとのこと。

・検索用:esearch.fcgi?db=&term=
実際の検索例:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=science[journal]+AND+breast+cancer+AND+2008[pdat]


・検索用2:esearch.fcgi?db=&term=&usehistory=y
&WebEnv と &query_key が出力される。

実際の検索例:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=science[journal]+AND+breast+cancer+AND+2008[pdat]&usehistory=y

・検索用3(複合してみる):
esearch.fcgi?db=&term=&usehistory=y
&WebEnv と &query_key が出力される。



esearch.fcgi?db=&term=&usehistory=y&WebEnv=$web1
query2に違う用語をいれ、webenvに過去に出力されたものをいれると
さらに新しい &WebEnv2 が出力される。



・索引データの抽出:
ecitmatch.cgi?db=pubmed&rettype=xml&bdata=

詳細はECitMatch In-Depth


・UIDのアップロード
epost.fcgi?db=&id=
保存先のWebEnvとquery keyを出力。

例:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/epost.fcgi?db=gene&id=7173,22018,54314,403521,525013

※PubMed用にすると
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/epost.fcgi?db=pubmed&id=26442394


・UIDの複合
さらにIDを調整なりする場合は以下。
epost.fcgi?db=&id=&WebEnv=$web1


・サマリーのダウンロード
esummary.fcgi?db=&id=
でXML docsumが出てくる。

※pub例
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=26442394

・以前の検索からのサマリーダウンロード
まず
esearch.fcgi?db=&term=&usehistory=y
でwevenvとquery keyを出力し、

esummary.fcgi?db=&query_key=$key1&WebEnv=$web1
でゲット。

例:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=science[journal]+AND+breast+cancer+AND+2008[pdat]&usehistory=y


http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&query_key=1&WebEnv=●●

無事出力OK。
retmode=json
をいれればjsonになります。OK。

・全レコードのダウンロード
efetch.fcgi?db=&id=&rettype=&retmode=

例:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=26442394
デフォルトではjsonか?
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=26442394&retmode=xml
XMLで。

・前の検索結果の全レコードのダウンロード
esearch.fcgi?db=&term=&usehistory=y
からの
efetch.fcgi?db=&query_key=$key1&WebEnv=$web1&rettype=
&retmode=

PubMedでの例
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=science[journal]+AND+breast+cancer+AND+2008[pdat]&usehistory=y

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&query_key=1&WebEnv=●●&rettype=text&retmode=XML

rettypeってなに

・db間の関連付けについて(割愛…)

・スペルなおしについて
espell.fcgi?term=&db=

例:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/espell.fcgi?term=fiberblast+cell+grwth&db=pmc
で、なおったものが出力される。





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